Johnny Herrera se ha transformado en uno de los líderes del actual plantel de Universidad de Chile y uno de los mejores arqueros nacionales, que lo tienen siendo convocado permanentemente a la Selección Nacional. El portero ha sido también pilar fundamental en el esquema de Martín Lasarte y es el titular indiscutido, teniendo la totalidad de minutos en cancha del actual campeonato.
Herrera ha jugado 18 temporadas con la “U” en el pecho, en las temporadas 1999, 2001, 2002 (Apertura y Clausura), 2003 (Apertura y Clausura), 2004 (Apertura y Clausura), 2005 (Apertura y Clausura), 2011 (Apertura y Clausura), 2012 (Apertura y Clausura), 2013 (Apertura y Transición) y 2014 (Clausura y Apertura). Además, vistió las camisetas del Corinthians de Brasil (2006), de Everton (2007-2008) y Audax Italiano (2008-2010).
Lleva un total de 242 partidos jugados con los azules, 93 de ellos se han quedado con el triunfo, 56 empates y 48 partidos perdidos, recibiendo 281 goles y siendo expulsado en 3 ocasiones en encuentros válidos por torneos de Primera División. Ha conseguido en 4 ocasiones levantar la copa con Universidad de Chile (2004 AP, 2011 AP y CL y 2012 AP), participando además del tricampeonato y de la obtención de la Copa Sudamericana.